日期 | 主题 | 内容 | 备注 |
第一天 | 转录组学前沿概述 | 1.转录组技术发展前沿动态2.转录组应用案例及应用热点 | 理论 |
转录组学实验和分析基础 | 1.转录组学研究的实验技术2.转录组技术流程及技术细节(重点讲解)3.常用的转录组测序建库技术 | 理论 |
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Linux基础操作 | 1.Linux基础操作 | 上机操作 |
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第二天 | De novo转录组数据分析上机实践 | 1.原始测序数据的检测和预处理(重点讲解)2.使用Trinity拼接转录组数据(重点讲解)3.原始数据与拼接转录本的比对(重点讲解)4.表达量统计和差异表达分析(重点讲解)5.使用blast对转录本进行功能注释(重点讲解)6.寻找转录本的ORF,翻译蛋白质序列7.转录因子注释 | 上机操作 |
Reference based转录组数据分析上机实践(一) | 1.转录组数据准备和软件介绍2.使用HISAT进行转录组数据的比对(重点讲解)3.用IGV查看比对结果4.使用cufflinks进行表达量估计和分析(重点讲解)5.使用samtools检测转录组数据中的突变(重点讲解)6.差异表达基因的功能分析(重点讲解) | 上机操作 |
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第三天 | Reference based转录组数据分析上机实践(二) | 1.lncRNA目前的定义、应用和发展2.lncRNA的生物学过程(重点讲解)3.lncRNA的测序(重点讲解)4.lncRNA测序数据分析案例展示(重点讲解)5.利用tophat和cufflinks组合,预测转录本6.使用CNCI预测新的lncRNA转录本(重点讲解)7.使用LncTar软件预测lncRNA调控的靶基因(重点讲解) | 理论+上机操作 |
microRNA测序与数据分析(包含上机实践) | 1.microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义2.microRNA的生物学过程(重点讲解)3.microRNA的测序(重点讲解)4.microRNA测序数据分析软件(重点讲解)5.microRNA测序数据预处理(重点讲解)6.microRNA的预测(重点讲解)7.microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解) | 理论+上机操作 |
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第四天 | 10x单细胞转录组测序数据常规分析流程介绍及上机实操 | 1.10x单细胞测序技术在科研领域的应用2.10x单细胞实验建库原理介绍3.10x单细胞转录组下机数据处理4.10x单细胞软件Cellranger讲解及实操(重点讲解)5.从单细胞表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操 | 理论+上机操作 |