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微生物组学数据分析与挖掘专题培训班

汉语

2019-08-07 至 2019-08-09

北京

史老师

010-59341771

bcc-sxpx@bcc.ac.cn

微生物组学数据分析与挖掘专题培训班


微生物存在于世界的各个角落,在医疗健康、环境治理、农业种植、工业生产等诸多领域发挥着举足轻重的作用近年来,随着测序技术的发展,对于微生物组学的研究持续火热。微生物组学技术现已成为了科研工作者必不可少的研究技术,进而,技能要求也是越来越高尤其数据库建立、编程语言开发、绘图工具使用技巧及算法模型选择等,已成为广大科研工作者面临的具体问题。


 

本次培训班分为四个阶段


1、掌握必备的基础知识


如微生物组研究现状与应用分析流程方案设计以及Linux的常用操作和软件安装等。


2、掌握16S以及宏基因组数据分析结果及应用


深度剖析16S与宏基因组建库测序原理及分析结果解读,深度诠释各个分析结果。


3手把手带你进行微生物组数据的分析


包括微生物多样性测序数据处理和宏基因组数据分析原始数据的质控和拼接、OTU聚类、物种注释、宏基因组数据的组装、基因预测以及基于物种丰度、功能丰度表进行的有效信息的统计分析 


4、深度体验微生物组大数据挖掘的奥秘


基于丰富的项目分析经验,针对不同研究目的,提供专业性分析方案及数据深度挖掘思路,并通过不同软件进行结果可视化。


 

主办单位:北京市计算中心 
协办单位:云计算关键技术与应用北京市重点实验室 


北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 


工信部和信息化人才培养工程培训基地
中国生物工程杂志 


  地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼 


课程内容:


201987-9  上午:9:30-11:30下午:13:30-17:00


日  期


  


  


第一天


上午


微生物组学研究现状及应用


1、微生物组学研究现状及应用


2、微生物组数据分析流程设计


3、常用数据库介绍


4、方案设计与案例分享


微生物组学数据分析上机基础


1Linux常用命令使用和上机操作


2Linux环境下软件安装


第一天


下午


微生物多样性数据分析


1、质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物


2、生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU


3OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT


4、物种注释及进化树构建


5、常用Alpha多样性指数计算


6、常用Beta多样性距离矩阵计算


7、统计分析


7.1、箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计


7.2、散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/NMDS)


7.3、样品与组间相关分析,并用热图可视化结果


第二天


宏基因组数据分析与结果解读


1、 宏基因组分析基本策略


2、 数据质量评估


3、 数据质量过滤


4、 宿主污染过滤


5、 数据组装


6、 基因预测


7、 物种注释(MEGANKrona


8、 功能注释(KEGGeggNOG


9、 统计分析


聚类分析(物种、功能、基因)


差异分析(物种、功能、基因)


10、常用分析图表在文章中意义和使用场景


第三天


数据挖掘与可视化实现


1R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用


韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等


2、网络分析


MENA Igraph Cytoscape


3、物种与样本关系


Circos分析


4、差异物种分析


LEfSe分析


5KEGGCOG预测分析


PIRUStSTAMP


6、进化分析


ITOL


注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。


(课程内容以实际授课为准)


报名费用 


注册费:3500元/人(含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)。材料:《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。培训期间,免费提供工作午餐。


付费方式 


现金、支票、银行转账、银行汇款


单位全称:北京市计算中心      账号:0200151819100023937  


开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行


(汇款信息里 备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)


报名优惠政策


1、2019.7.17之前报名并缴费的学员每人可优惠200元;


2、3人以上团体报名每人可减少300元;


3、4+1团报,可免费赠送一个名额;


4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。


老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。


培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。


请联系


QQ号:2814500767邮箱:bcc-sxpx@bcc.ac.cn


徐老师 010-5934178615801436028(微信同号)


员老师 010-59341773,18701529461(微信同号)

开课前一周会发送邮件通知,若未接到邮件通知,请电话咨询。


附:课程部分示例图片


1R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用


韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等


 图2.jpg

 图1.jpg

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 图5.jpg

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2、网络分析


MENA Igraph Cytoscape


图6.jpg 

3、物种与样本关系


Circos分析



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4、差异物种分析


LEfSe分析


图8.jpg

图9.jpg

5KEGGCOG预测分析 

PIRUStSTAMP


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6、进化分析


ITOL


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