微生物组学数据分析与挖掘专题培训班
微生物组学数据分析与挖掘专题培训班
微生物存在于世界的各个角落,在医疗健康、环境治理、农业种植、工业生产等诸多领域发挥着举足轻重的作用。近年来,随着测序技术的发展,对于微生物组学的研究持续火热。微生物组学技术现已成为了科研工作者必不可少的研究技术,进而,对其技能要求也是越来越高。尤其是数据库建立、编程语言开发、绘图工具使用技巧及算法模型选择等,已成为广大科研工作者面临的具体问题。
本次培训班分为四个阶段
1、掌握必备的基础知识
如微生物组研究现状与应用、分析流程、方案设计以及Linux的常用操作和软件安装等。
2、掌握16S以及宏基因组数据分析结果及应用
深度剖析16S与宏基因组建库测序原理及分析结果解读,深度诠释各个分析结果。
3、手把手带你进行微生物组学数据的分析
包括微生物多样性测序数据处理和宏基因组数据分析,如原始数据的质控和拼接、OTU聚类、物种注释、宏基因组数据的组装、基因预测以及基于物种丰度、功能丰度表进行的有效信息的统计分析。
4、深度体验微生物组大数据挖掘的奥秘
基于丰富的项目分析经验,针对不同研究目的,提供专业性分析方案及数据深度挖掘思路,并通过不同软件进行结果可视化。
主办单位:北京市计算中心
协办单位:云计算关键技术与应用北京市重点实验室
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
工信部和信息化人才培养工程培训基地
中国生物工程杂志
举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
课程内容:
2019年8月7-9日 上午:9:30-11:30下午:13:30-17:00
日 期 | 主 题 | 内 容 |
第一天 上午 | 微生物组学研究现状及应用 | 1、微生物组学研究现状及应用 2、微生物组数据分析流程设计 3、常用数据库介绍 4、方案设计与案例分享 |
微生物组学数据分析上机基础 | 1、Linux常用命令使用和上机操作 2、Linux环境下软件安装 | |
第一天 下午 | 微生物多样性数据分析 | 1、质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物 2、生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU 3、OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表 4、物种注释及进化树构建 5、常用Alpha多样性指数计算 6、常用Beta多样性距离矩阵计算 7、统计分析 7.1、箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计 7.2、散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/NMDS) 7.3、样品与组间相关分析,并用热图可视化结果 |
第二天 | 宏基因组数据分析与结果解读 | 1、 宏基因组分析基本策略 2、 数据质量评估 3、 数据质量过滤 4、 宿主污染过滤 5、 数据组装 6、 基因预测 7、 物种注释(MEGAN、Krona) 8、 功能注释(KEGG、eggNOG) 9、 统计分析 聚类分析(物种、功能、基因) 差异分析(物种、功能、基因) 10、常用分析图表在文章中意义和使用场景 |
第三天 | 数据挖掘与可视化实现 | 1、R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用 韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等 2、网络分析 MENA Igraph Cytoscape 3、物种与样本关系 Circos分析 4、差异物种分析 LEfSe分析 5、KEGG和COG预测分析 PIRUSt和STAMP 6、进化分析 ITOL |
注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。
(课程内容以实际授课为准)
【报名费用】
注册费:3500元/人(含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)。材料:《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。培训期间,免费提供工作午餐。
【付费方式】
现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心 账号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息里 备注上:“生物计算事业部??您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)
【报名优惠政策】
1、2019.7.17之前报名并缴费的学员每人可优惠200元;
2、3人以上团体报名每人可减少300元;
3、4+1团报,可免费赠送一个名额;
4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。
【请联系】
QQ号:2814500767邮箱:bcc-sxpx@bcc.ac.cn
徐老师 010-59341786,15801436028(微信同号)
员老师 010-59341773,18701529461(微信同号)
【注】开课前一周会发送邮件通知,若未接到邮件通知,请电话咨询。
附:课程部分示例图片
1、R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用
韦恩图、花瓣图、散点图、热图、盒形图(箱线图)等
2、网络分析
MENA Igraph Cytoscape
3、物种与样本关系
Circos分析
4、差异物种分析
LEfSe分析
5、KEGG和COG预测分析
PIRUSt和STAMP
6、进化分析
ITOL