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.1 生物医学公共数据深度挖掘及应用培训

汉语

2019-08-29 至 2019-08-09

北京

史老师

010-59341771

bcc-sxpx@bcc.ac.cn

生物医学公共数据深度挖掘及应用培训


还在认为没有实验就不能发表论文?


手头有很多数据,不知道该怎么进一步挖掘?


还在为不知道如何找靶点而苦恼?


还在为不精通挖掘GEO、TCGA等数据库而痛苦不堪?


还在为不会那些高大上的图表而暗自伤神?


快来参加北京市计算中心举办的生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班吧!


本次培训对目前公共数据挖掘热点进行系统介绍,提供一次系统了解TCGAGEO、SRA、ENCODE等数据库数据产生、分析及挖掘的课程。通过大量演练操作,帮助科研人员利用这些公共数据库挖掘多组学数据,以便为自身科研项目服务。


授课对象


从事生物医学研究的临床医生、转化研究科研人员;


课题经费不足,无法进行大规模测序,但需要发表SCI论文的相关研究人员;


已获得转录组、基因组等多组学数据,需要进一步挖掘分析人员;


对生物医学大数据分析与挖掘感兴趣的其他人员。


培训效果:


跟踪公共数据挖掘前沿热点,没有课题的时候找到课题;


短、平、快,为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼;


掌握多组学数据分析核心技能,GEO、TCGA、SRA数据处理没有压力;


科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制。


 

主办单位:北京市计算中心 
协办单位:北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心


云计算关键技术与应用北京市重点实验室 


北京市计算中心—工信部和信息化人才培养工程培训基地
中国生物工程杂志 


  地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼


课程安排:


2019829日-9月1日  930-1200,13:30-1700


日期


时间


授课题目


授课内容


第一天


上午


公共数据库挖掘热点介绍


疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能多组学数据整合分析


下午


常用生物医学数据库介绍


常用生物医学数据库介绍


大型综合数据库:NCBI、KEGG、Ensembl


公共高通量测序数据库:SRA


公共基因表达谱数据库:GEO


公共癌症多组学数据库:TCGA


公共表观数据库:ENCODE、Roadmap、regulomeDB


各大数据库数据下载


第二天


上午


基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练()


差异表达分析及结果可视化:


(1) edgeR包使用


(2) 火山图绘制


(3) 聚类热图绘制


GO、KEGG功能富集分析及结果可视化:


(1) DAVID在线工具使用


(2) GO富集分析


(3) KEGG富集分析


(4) 富集分析气泡图绘制


下午


基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练()


基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别


(1) 利用string数据库查询基因/蛋白相互作用


(2) 利用cytoscape工具构建相互作用网络


(3) 网络拓扑结构分析、关键基因识别


第三天


上午


基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练()


预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制:


(1) 利用R包进行单因素及多因素预后分析


(2) 生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析


(3) ROC曲线绘制


下午


多组学数据联合分析演练(


甲基化与转录组整合分析思路演练


(1) 甲基化数据预处理


(2) 差异甲基化位点及区域识别


(3) 甲基化与转录组数据联合分析


第四天


上午


多组学数据联合分析演练(


lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练


(1) lncRNA表达谱数据获取


(2) miRNA靶基因分析


(3) lncRNA与mRNA表达相关性分析


(4) ceRNA网络构建及结果可视化


下午


自由讨论


讨论与答疑


注1:全部实操课程只需要携带个人笔记本电脑。


注2:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。


(课程内容以实际授课为准)


讲师介绍:


讲师团队具有丰富实践经验,由一线分析人员亲自授课。


裴老师,博士,北京市科学技术研究院副研究员,中国科学院北京市基因组所博士后,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。从事基因组与生物信息学研究多年,具有良好的遗传学及生物信息学研究背景与技术,具有大模型数据分析能力,从事关于遗传学、基因组学与生物信息学工作多年,具有大数据分析与机器学习技术工作经验。熟悉各种生物学与统计学专业软件与分析方法。具有较丰富的生物信息学数据分析、处理与高性能计算机的运用、程序开发及数据库平台构建工作经验。


刘老师,博士,助理研究员,博士毕业于中国科学院北京市基因组所, 北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。具有丰富的外显子组、转录组等测序数据分析,疾病基因组数据解读,公共数据库数据挖掘与二次开发经验。具有丰富的生物信息学技术培训授课经验。


袁老师,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。精通perl、R、Python、Shell Script等编程语言,在Linux服务器运维、集群搭建、docker容器技术、数据库及网站搭建方面有一定经验,熟悉转录组相关的生物信息分析流程。


报名费用


注册费:4000元/人(含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)。材料:《高通量测序与高性能计算理论和实践》,北京科学技术出版社。免费赠送内部视频培训资料。培训期间,免费提供工作午餐。


付费方式


现金、支票、银行转账、银行汇款


单位全称:北京市计算中心      账号:0200151819100023937  


开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行


(汇款信息里 备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)


报名优惠政策


1、2019.8.8之前报名并缴费,可享受减免200元优惠;


2、3人以上团体报名每人可减少300元;


3、4+1团报,可免费赠送一个名额;


4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;


老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。


培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。


请联系


QQ号:2814500767邮箱:bcc-sxpx@bcc.ac.cn


徐老师 010-5934178615801436028(微信同号)


员老师 010-59341773,18701529461(微信同号)

开课前一周会发送邮件通知,若未接到邮件通知,请电话咨询。


附:课程部分示例图片


ceRNA网络.jpg
 
ceRNA网络

 


circos plot.png 

circos plot

 


 3.jpg

GO富集分析气泡图


 

 4.jpg

KEGG通路图


 

 5.jpg

miRNA靶基因预测


 

6.jpg 

ROC曲线


 

7.jpg 

WGCNA共表达分析


 

8.jpg 

差异基因表达热图


 

 

9.jpg 

甲基化热图


10.jpg 

生存曲线


  

11.jpg 

相互作用网络


 

 12.jpg

预后分析